Klimatski, događaj je povezan s El Niñom koji uključuje zagrijavanje morskih struja uz obalu, što dovodi do povećanja oborina. A što se tiče cvijeća, ovdje cvjeta oko 200 vrsta od kojih je većina endemskih (ne mogu se pronaći nigdje drugo na svijetu). Različite vrste cvijeća rastu u različitim dijelovima pustinje, a svoj vrhunac rasta dožive između septembra i novembra.

Veliki dio pustinje proteže se preko Anda i ima veliku nadmorsku visinu. Za razliku od drugih pustinja, kao što su Sahara u Africi i Mojave u Kaliforniji, Atakama je u stvari vrlo hladno mjesto s prosječnom dnevnom temperaturom između 0°C i 25°C. 

Atakama je upravo najpoznatija po tome što u nekim njezinim krajevima nije nikada pala kiša, ili koliko je poznato najmanje 400 godina. U ograničenim krajevima, vrlo rijetko kiša zna pasti nailaskom oluja poznatih kao "chubascos".

Tokom ranijih vremena, u predjelima Anda nakupljeno je dovoljno vode kako bi se stvorila jezera. Neka jezera su stvorena i topljenjem ledenjaka pri kraju ledenog doba. U nekim jezerima Anda, dosta vode je izgubljeno isparavanjem. Isparavanjem vode, povećavala se koncentracija soli i tako su nastale slane vode.

Na većim nadmorskim visinama, kada dođe do padavina, umjesto kiše pada snijeg, koji se i zadržava u nekim predjelima gdje temperatura nije dovoljno visoka da bi se otopio.

Iako se čini da teško da ima života u Atacami, postoje izolirane rupe i male površine biljaka koje omogućavaju život nekih kukaca i životinja. Neke biljke su se vrlo dobro prilagodile ovom sušnom okruženju razvitkom dugog korijenja koji dosežu do vode ispod zemlje. Postoje jata flaminga koji žive u okolini slanih jezera hraneći se crvenim algama koje rastu u vodama. Čak i neki ljudi žive ovdje.

Frontal