Istorija manastira datira još od 1070. godine, kada je vizantijski car Roman Diogen podigao malu crkvu, posevećenu Svetom apostolu i jevanđelisti Luki, u čije zidine su položene mirotočive mošti Svetog Prohora Pčinjskog. Prema legendi, upravo je ovaj svetac Romanu Diogenu prorekao da će postati car. 

Od tog vremena, miro neprestano teče iz svetiteljevih moštiju i, kažu vernici, mnogi se bolesnici njime isceljuju.

Manastir ostaje u okviru vizantijske države sve do kraja XII veka kada, posle osvajanja ovih krajeva od strane velikog župana Stefana Nemanje, prelazi u sastav Srbije. 

Nemerljiv značaj za ovu pravoslavnu svetinju imao je kralj Milutin, za vreme čije vladavine je podignuto ili obnovljeno 40 crkava i manastira, a među njima i Manastir Prohora Pčinjskog. U Karlovačkom rodoslovu stoji da kralj Milutin, pored ostalih zadužbina, “sagradi i crkvu Pšinskomu Prohoru”, što potvrđuje i uzidana opeka na severnoj fasadi stare crkve sa, u plitkom reljefu izvedenim imenom SAVA, otkrivajući neposrednu brigu tadašnjeg arhiepiskopa Save III o obnovi hrama.

Manastir ima veliki istorijski značaj, s obzirom da se, između ostalog, u njemu pričestio deo srpske vojske pred odlazak u Kosovsku bitku 1389. godine, a u toku Prvog srpskog ustanka služio je kao mesto za pripremu oslobodilačkog pokreta. 

U kratkom periodu, sabrat Manastira bio je i prepodobni Justin (Popović), inače rodom iz Vranja, koji je 2010. godine kanonizovan od strane SPC-a i proglašen prepodobnim Justinom ćelijskim i vranjskim. 

Ove, 2020. godine, kao jedna od najstarijih svetinja Srpske pravoslave crkve, Manastir proslavlja 950 godina postojanja. 

Izvor: istorijskizabavnik.rs